Badanie HyCoSy wykonywane jest tylko w określonych dniach kobiecego cyklu, dlatego też bardzo ważne jest to, w którym dniu wystąpiła ostatnia miesiączka. Przeprowadza się je do dziesiątego dnia cyklu miesiączkowego, a więc w pierwszej fazie cyklu, po skończonej miesiączce i przed owulacją. Nie wykonuje się go natomiast nawet przy niewielkim czy wręcz śladowym krwawieniu. W celu wykonania zabiegu konieczne jest udanie się do pracowni ultrasonograficznej oraz rozebranie się.Gginekolog zakłada wziernik dopochwowy w celu uwidocznienia ujścia macicy, po czym umieszcza w ujściu szyjki macicy cewnik, aby możliwe było wprowadzenie kontrastu. Badanie to czasami bywa nieco bolesne. Cały zabieg widoczny jest na ekranie aparatu ultrasonograficznego, a wynik pojawia się w formie opisu wraz z płytą DVD gdzie nagrane jest całe badanie.

Przeciwwskazaniem do wykonania zabiegu HyCoSy jest ciąża i okres krwawienia miesiączkowego oraz infekcja w drogach rodnych. Jest to bezpieczne badanie, które może być powtarzane